В соответствии с вышеуказанным перечнем НЕДО производит отбор заявок на предоставление помощи для тех или иных проектов, формирует совместные международные исследовательские группы. Каждый отобранный проект рассчитан не более чем на три года, под него выделяются средства в пределах 30 млн.иен.
С учетом того, что подавляющее большинство иностранных инвестиций приходится на мелкие и средние предприятия, важное значение для деятельности иностранных инвесторов имеют многочисленные льготы, предоставляемые указанным предприятиям. Правда, эти льготы не распространяются на филиалы иностранных компаний.
Мелкие и средние предприятия пользуются определенными льготами в области налогообложения. В частности, налог на юридических лиц с предприятий с капиталом свыше 100 млн. иен составляет 37,5%, а налог на первые 8 млн.иен годового дохода предприятия с капиталом менее 100 млн. иен — 28%. Применяется также целый ряд других мер, ведущих к фактическому снижению налоговых выплат и тем самым стимулирующих инвестиционную деятельность как японских, так и иностранных предпринимателей в сфере мелкого и среднего бизнеса.
Среди мер, способствующих притоку иностранного капитала через мелкое и среднее предпринимательство, важное место занимает подготовка управленческих кадров для компаний с иностранным участием. Такая подготовка, в частности, осуществляется на базе Института, созданного при Японской корпорации мелких и средних предприятий. Иностранные слушатели, обучающиеся в этом институте, получают субсидию, составляющую 2/3 платы за обучение.
Существует также много программ на региональном уровне, направленных на поощрение предпринимательской деятельности на местах (независимо от того, финансируется такая деятельность японским или иностранным капиталом). Местные администрации предлагают снижение или освобождение от префектуральных или муниципальных налогов в соответствии с местными нормативными актами, а также широкий диапазон мер помощи, в частности, субсидии, кредиты, а также займы для оплаты процентов по кредитам.
В целях содействия региональной занятости и развитию в 30 префектурах действует система предоставления субсидий при размещении на их территориях компаний. Как правило, размер субсидий колеблется от 100 до 200 млн. иен.
Несмотря на предпринимаемые с начала 90-х годов усилия правительства по совершенствованию системы кредитно-финансовых и налоговых льгот в отношении иностранных инвестиций, руководство Совета по инвестициям считает, что «уровень иностранных прямых инвестиций в Японии остается низким в целом, а также по сравнению с японскими прямыми инвестициями за рубежом, что создало огромный дисбаланс внешнего и внутреннего инвестирования. Это связано как с экономическими факторами, такими, как макроэкономический климат, включая рост курса иены, высокие операционные расходы в Японии, в том числе вследствие высоких цен на землю, так и институциональными факторами, такими, как осуществление регулирования на основе законов и ,,административного руководства“».
Необходимость устранения препятствий в сфере регулирования для привлечения инвестиций в Японию ясно осознается в японской академической сфере. Так, по мнению профессора Р.Вакацуги, «сейчас больше всего требуются политика устранения существующих контрпродуктивных для новых участников японского рынка, особенно иностранных компаний, норм государственного регулирования, а также исправление антиконкурентной деловой практики в Японии. Правительственная политика, сосредоточенная на субсидиях . не будет эффективной в плане содействия проникновению иностранных компаний на японский рынок».