Политическая и административная организация бюджетного федерализма в России является уникальной смесью федеративной организации де-юре и элементов конфедерации де-факто в унитарном государстве. 89 “субъектов Российской Федерации” имеют очень разный административный и политический статус, что в большой мере обусловлено разницей в относительной степени автономии от центра и этническим составом населения. Эволюция правовой и институциональной базы со времени объявления независимости отражала политические компромиссы перед лицом сильной оппозиции со стороны регионов, о чем свидетельствует широкое распространение двухсторонних соглашений между центром и отдельными регионами вместо последовательного применения правил и принципов. В последние годы регионы также стали требовать повышения юридических и нормативных полномочий де-факто, в основном ввиду отсутствия эффективных федеральных инструментов, необходимых для контроля и регулирования региональных бюджетных отношений.
Хотя в Конституции 1993 года и в целом арсенале дополнительных законов и указов предусматривается обязательное по конституции взаимодействие между бюджетами различного уровня, существующее законодательство содержит множество не соответствующих и прямо противоречащих друг другу положений. Кроме того правила и процедуры по решению вопросов компетенции, например, в отношении разделения ответственности между центральными и региональными органами управления и законодательными органами, являются неоднозначными и часто противоречат другим законам. Частичное совпадение и плохое распределение ролей и ответственности, асимметричные бюджетные отношения и нечеткое разделение полномочий между бюджетами разных уровней создало путаницу в отношении функций и режимов взаимодействия разных уровней государственной власти, деформировало стимулы благоразумного бюджетного управления на субнациональных уровнях и содействовало отсутствию прозрачности. Помимо этого противоречия между разными законами часто разрешаются в особом порядке, причем решения по основополагающим положениям часто включаются в законы о годовых бюджетах, что привносит определенную меру непредсказуемости и нестабильности в систему межбюджетных отношений. Кроме того, бюджетные взаимоотношения между региональными и местными органами управления согласно тому, как они определены в текущем законодательстве, по-прежнему страдают от двусмысленностей и дают регионам существенную дискреционную власть над местными органами управления, подрывая тем самым местную автономию.
Отсутствие в законе формального распределения ответственности за расходы создавало проблемы в течение почти всего переходного периода. Бюджетные ассигнования вплоть до недавнего времени были продолжением ассигнований де-факто в бывшем СССР, когда произвольные изменения в ассигнования проводились через законы о годовых бюджетах. В первые годы переходного периода попытка передать ответственность за расходы, в частности по капитальным и социальным затратам, субнациональным бюджетам при отсутствии адекватного распределения доходов и недостаточно согласованных системах распределения налоговых доходов и безвозмездных перечислений создали серьезное давление на субнациональные бюджеты. Во многих случаях, несмотря на некоторые успехи в прояснении вопросов распределения расходов, по целому ряду параметров распределение ответственности за расходы не соответствует требованиям ясной, стабильной и прозрачной системы для проведения эффективной децентрализации.