Оперативный контроль использования государственных средств осуществляет действующий в рамках Минфина Департамент финансового контроля и аудита, а также органы Федерального казначейства.
Департамент государственного финансового контроля и аудита Минфина РФ, созданный Постановлением Правительства РФ от 6 марта 1998 года является приемником Контрольно-ревизионного управления Минфина РФ. Департамент и его территориальные подразделения обязаны проводить комплексные ревизии и тематические проверки с целью контроля поступлений и целевого использования средств федерального бюджета и внебюджетных фондов; документальные проверки финансово-хозяйственной деятельности по заданиям правоохранительных органов, а также органов государственной власти субъектов РФ и местного самоуправления.
Органы Федерального казначейства призваны осуществлять государственную бюджетную политику; управлять процессом исполнения федерального бюджета, осуществляя при этом жёсткий контроль поступления, целевого и экономного использования государственных средств.
На него возложены следующие задачи:
· Контроль за доходной и расходной частью федерального бюджета в ходе его исполнения;
· Контроль состояния государственных финансов в целом и предоставление высшим органам законодательной и исполнительной власти отчётов о финансовых операциях Правительства РФ и состоянии бюджетной системы;
· Контроль совместно с Банком России состояния государственного внешнего и внутреннего долга РФ;
· Контроль государственных федеральных внебюджетных фондов и финансовых отношений между ними и федеральным бюджетом.
Органы Казначейства имеют право производить проверки различных денежных документов, отчётов и смет в государственных органах, банках, на предприятиях всех форм собственности, использующих средства федерального бюджета и внебюджетных фондов, приостанавливать операции по их счетам в банках. Они имеют право выдавать предписания о взыскании в бесспорном порядке государственных средств, с наложением штрафа в размере действующей учётной ставки Центрального банка России, а также налагать штрафы на коммерческие банки в случае несвоевременного зачисления ими поступающих от хозяйствующих объектов средств на счета федерального бюджета и внебюджетных фондов в размере действующей в данном банке процентной ставки, увеличенной на 10 пунктов. Как правило, органы Казначейства взаимодействуют с налоговыми и правоохранительными органами.
По решению Правительства РФ переход на казначейскую систему исполнения федерального бюджета, который должен был закончится в 1999 году призван значительно укрепить контрольные полномочия Федерального казначейства в части федерального бюджета.
Следует отметить, что в настоящее время не предусмотрено серьёзной административной или уголовной ответственности за нецелевое использование бюджетных средств, что резко снижает степень эффективности государственного контроля. Практически неизвестны случаи, когда возбуждённые по фактам нецелевого использования государственных ресурсов дела были доведены до суда. Решить эту проблему призван находящийся в стадии проекта закон «О Государственном финансовом контроле», предусматривающий соответствующие санкции и механизм их применения.