Большую роль в проведении финансового контроля играет осуществляемое Минфином методическое руководство организацией бухгалтерского учёта в стране, а также проведение аттестаций по аудиту и лицензированию аудиторской деятельности (сюда не входит аудит банков).
Следует отметить, что контрольные полномочия Минфина РФ распространяются на финансовые средства только федерального уровня. Бюджетное законодательство РФ предусматривает финансовую самостоятельность субъектов Федерации и органов местного самоуправления. Они сами несут ответственность за формирование и использование своих бюджетов и внебюджетных фондов.